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Colegio Universitario Hotel Escuela de Los Andes Venezolanos

Nov 17-18, 2015

9:00 am - 4:30 pm

Instructores: Francisco Palm

Asistentes: Mariangela Petrizzo

Información General

La misión de Software Carpentry es ayudar a investigadoras e investigadores a realizar su trabajo en menos tiempo y con menos dolor, enseñándoles destrezas básicas de computación científica. Este taller práctico cubrirá conceptos básicos y herramientas, incluyendo: diseño de programas, control de versiones, gestión de datos y automatización de tareas. Los participantes serán animados a ayudarse mutuamente y a aplicar lo que han aprendido a su propios problemas de investigación.

Para mas información sobre lo que enseñamos y porque, por favor revise nuestro artículo (en inglés) "Mejores Prácticas para la Computación Científica".

Quién: Este taller está dirigido a estudiantes de postgrado y otros investigadores. No necesitas tener ningún conocimiento previo de las herramientas que serán presentadas en el taller.

Dónde: Sector Hoyada de Milla, al lado del Hotel VENETUR, Av Universidad, Mérida. Obtener direcciones con OpenStreetMap o Google Maps.

Requerimientos: Las y los participantes deben traer una laptop con algunas aplicaciones específicas instaladas (listadas abajo). También se requiere que cumplan el Código de Conducta de Software Carpentry.

Contacto: Por favor escribir a francisco.palm@gmail.com para mas información.

Horario

Día 1

09:00 Automatizando tareas con el terminal Unix
10:30 Café
12:00 Almuerzo
13:00 Construyendo programas con Python
14:30 Café
16:00 Recapitulación

Día 2

09:00 Control de versiones con Git
10:30 Café
12:00 Almuerzo
13:00 Manejando datos con SQL
14:30 Café
16:00 Recapitulación

Programa

El terminal Unix

  • Archivos y directorios
  • Historia y completación con Tab
  • Tuberías y redirección
  • Bucles sobre archivos
  • Crear y ejecutar scrips del terminal
  • Encontrando cosas
  • Referencia...

Programando en Python

  • Usando bibliotecas
  • Trabajando con arreglos
  • Leyendo y graficando datos
  • Creando y usando funciones
  • Bucles y condicionales
  • Programación defensiva
  • Usando Python en la línea de comandos
  • Referencia...

Control de versiones con Git

  • Creando un Repositorio
  • Registrando cambios a los archivos: add, commit, ...
  • Revisar cambios: status, diff, ...
  • Ignorando archivos
  • Trabajando en la web: clone, pull, push, ...
  • Resolviendo conflictos
  • Licencias abiertas
  • Dónde hospedar, cómo y porqué
  • Referencia...

Manejando datos con SQL

  • Leyendo y ordenando datos
  • Filtrando con where
  • Calculando nuevos valores sobre la marcha
  • Manejando valores faltantes
  • Combinando valores usando agregación
  • Combinando información de distintas tablas usandojoin
  • Creando, modificando y borrando datos
  • Programando con bases de datos
  • Referencia...

Configuración

Para participar en el taller de Software Carpentry, necesitará acceder al software que se describe a continuación. Además, necesitará un navegador web actualizado.

Mantenemos una lista de problemas comunes que se producen durante la instalación como referencia para instructores que pueden ser útiles en la Wiki de problemas de Configuración y Soluciones.

El terminal Bash

Bash es un terminal muy usado que te da el poder de hacer tareas sencillas más rápidamente.

Windows

  1. Descargar el instalador de Git para Windows .
  2. Ejecuta el instalador y sigue los pasos abajo:
    1. Hacer Clic en "Siguiente".
    2. Hacer Clic en "Siguiente".
    3. Hacer Clic en "Siguiente".
    4. Hacer Clic en "Siguiente".
    5. Hacer Clic en "Siguiente".
    6. Seleccione "Utilice Git desde la La línea de Comandos de Windows" y haga clic en "Siguiente". Si olvidas hacer esto los programas que necesitas en el taller no correrán apropiadamente. Si esto ocurre vuelva a ejecutar el instalador y seleccione la opción apropiada.
    7. Haga clic en "Siguiente". Manten seleccionado "Checkout Windows-style, commit Unix-style line endings".
    8. Seleccione "Use Windows' default console window" y haz clic en "Next".
    9. Haz clic en "Next".
    10. Haz clic en "Finish".

Esto te proveerá Git y Bash en la aplicación Git Bash.

Mac OS X

El terminal por defecto en todas las versiones de Mac OS X es bash, así que no necesita instalar nada. Puedes acceder a bash desde el Terminal (encontrado en /Aplicaciones/Utilidades). Podrías querer mantener el terminal en tu dock para este taller.

Linux

El terminal por defecto es usualmente Bash, pero si tu máquina está configurada de un modo diferente puedes ejecutarlo abriendo un terminal y escribiendo bash. No hay necesidad de instalar nada.

Git

Git es un sistema de control de versiones que te permite hacer seguimiento de quién hizo cambios a qué cuándo y tiene opciones para actualizar con facilidad una versión compartida o pública de tu código en github.com. Necesitarás un navegador web soportado (las versiones actuales de Chrome, Firefox o Safari, o Internet Explorer versión 9 o superior).

Windows

Git debería estar instalado en su computador como parte de su instalación Bash (descrita arriba).

Mac OS X

Para OS X 10.9 y superior, instalar Git para Mac descargando y ejecutando el instalador "mavericks" mas reciente desde esta lista. Después de instalar Git, no habrá nada en su carpeta /Aplicaciones, ya que Git es un programa de la línea de comandos. Para versiones anteriores de OS X (10.5-10.8) utilice el instalador mas reciente disponible etiquetado "snow-leopard" disponible aquí.

Linux

Si Git aún no está disponible en su máquina puedes intentar instalarlo usando el gestor de paquetes de tu distribución. Para Debian/Ubuntu ejecuta sudo apt-get install git y para Fedora ejecuta sudo yum install git.

Editor de texto

Cuando escribes código, es bueno tener un editor de texto que está optimizado para escribir código, con características como coloreado automático de palabras clave. El editor de texto por defecto en Mac OS X y Linux es usualmente Vim, el cual no es famoso por ser intuitivo. si accidentalmente te encuentras atascado en el, intenta presionar la tecla escape, seguido por :q! (dos puntos, 'q' minúscula, signo de exclamación que cierra), entonces presionar Intro para volver a la línea de comandos.

Windows

nano es un editor básico y el que utilizan por defecto los instructores en el taller. Para instalarlo, descarga el instalador Software Carpentry para Windows y haz doble clic en el archivo para ejecutarlo. Este instalador requiere una conexión de Internet activa.

Otros editores que puedes utilizar son: Notepad++ o Sublime Text. Toma en cuenta que debes añadir su directorio a la ruta de tu sistema. Por favor pide ayuda a tu instructor para hacer esto.

Mac OS X

nano es un editor básico y el que utilizan por defecto los instructores en el taller. Debería estar preinstalado.

Otros editores que podrías utilizar son: Text Wrangler o Sublime Text.

Linux

nano es un editor básico y el que utilizan por defecto los instructores en el taller. Debería estar preinstalado.

Otros editores que podrías utilizar son: Gedit, Kate o Sublime Text.

Python

Python es un lenguaje popular para la computación científica, y es genial para programación de propósito general. La instalación de todos sus paquetes de científicos de forma individual puede ser un poco difícil, por lo que recomendamos Anaconda, un instalador todo-en-uno.

Independientemente de lo que usted elija para instalarlo, por favor asegúrese de instalar Python version 3.x (por ejemplo, 3.4 está bien).

Te enseñaremos Python utilizando el cuaderno IPython, un entorno de programación que corren en el navegador web. Para este trabajo necesitarás un navegador razonablemente actualizado. Las versiones actuales de Chrome, Safari y Firefox están todas soportadas (algunos navegadores antiguos, incluyendoInternet Explorer versión 9 o inferior, no lo son).

Windows

  1. Abre http://continuum.io/downloads con tu navegador web.
  2. Descargar el instalador de Python 3 para Windows.
  3. Instalar Python 3 utilizando todos los valores por defecto excepto asegurarse verificar Hacer Anaconda el Python por defecto.

Mac OS X

  1. Abre http://continuum.io/downloads con tu navegador web.
  2. Descargar el instalador de Python 3 para OS X.
  3. Instalar Python 3 utilizando todos los valores por defecto para la instalación.

Linux

  1. Abrir http://continuum.io/downloads con tu navegador web.
  2. Descargar el instalador de Python 3 para Linux.
  3. Instalar Python 3 utilizando todos los valores por defecto para la instalación. (La instalación requiere usar la línea de comandos. Si no estás seguro de hacer la instalación por ti misma o mismo detente aquí y solicita ayuda en el taller.)
  4. Abre una ventana del terminal.
  5. Escribe 
    bash Anaconda-
    y entonces presiona tab. El nombre del archivo que acabas de descargar debería downloaded should aparecer.
  6. Presiona Intro. Seguirás el apuntador de solo-texto. Cuando haya dos puntos al final de la pantalla presiona la flecha hacia abajo para recorrer el texto. Escribe si y presiona Intro para aprobar la licencia. Presiona Intro para aprobar la localización por defecto de los archivos. Escribe si y presiona Intro para anteponer Anaconda a tu RUTA (esto hace la distribución Anaconda el Python por defecto).

Una vez estás listo con la instalación de las aplicaciones listadas arriba, por favor ir a esta página, el cual tiene instrucciones sobre como verificar que todo está instalado correctamente.

R

R es un lenguaje de programación que es especialmente poderoso para exploración de datos, visualización, y that is especially powerful for data exploration, visualization, and análisis estadístico. Para interactuar con R, usamos RStudio.

Windows

Instalar R descargando y ejecutando este archivo .exe desde CRAN. También, instala por favor RStudio IDE.

Mac OS X

Instalar R descargando y ejecutando this .pkg file desde CRAN. También, instala por favor RStudio IDE.

Linux

Puedes descargar los archivos binarios para tu distribución desde CRAN. O puedes utilizar el gestor de paquetes (por ejemplo para Debian/Ubuntu ejecutar sudo apt-get install r-base y para Fedora ejecutar sudo yum install R). También, instala por favor RStudio IDE.

SQLite

SQL es un lenguaje de programación especializado usado con bases de datos. Nosotros utilizamos un manejador de bases de datos simples llamado SQLite en nuestras lecciones.

Windows

El instalador Software Carpentry para Windows instala SQLite para Windows. Si has utilizado el instalador para configurar nano, no tienes que ejecutarlo de nuevo.

Mac OS X

SQLite viene pre-instalado en Mac OS X.

Linux

SQLite viene pre-instalado en Linux.

Si instalaste Anaconda, también tienes una copia de SQLite sin soporte para readline. Los instructores le proporcionarán una solución, si es necesario.

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